A plena luz del dia, el pequeño, que padecía una enfermedad respiratoria y necesitaba medicacion, jugaba con sus primos en un descampado cercano a su domicilio cuando desaparecio. Su familia se dio cuenta de su ausencia despues de que la abuela llamase a sus nietos a comer.
La Guardia Civil puso en marcha una investigación que días después ya barajaba la hipótesis del secuestro. En parelelo, la familia consiguió que el caso se convirtiese en noticia a nivel nacional y la implicación ciudadana. El rostro de Yeremi copo su localidad y un macrooperativo llevo a 400 personas a las calles para buscarle. Los vecinos señalaron a dos vehiculos en la escena: un Opel Corsa blanco, que estaba aparcado frente al solar donde desaparecio Yeremi, y un Renault Clio negro.
Nueve dias despues de su desaparicion, la Guardia Civil detuvo a un hombre, acusado de un supuesto delito de extorsion a la familia -pidio 6.000 euros por la liberacion de Yeremi-, pero finalmente se descarto que estuviera vinculado con el caso.
Años despues, en 2010, los agentes descubrieron un craneo en un parque infantil en la localidad donde desaparecio Yeremi. Tras su analisis, se deshecho que perteneciera al niño.
Con el paso del tiempo, la Guardia Civil planteo mas de una hipotesis: venganza familiar, trafico de seres humanos, pederastia o trafico de organos, ademas del secuestro.
En 2015 aparecio otro craneo y, una vez mas, se descarto que perteneciera a Yeremi Vargas. Un año despues, en 2016, la Guardia Civil señala a Antonio Ojeda, alias «El Rubio», como sospechoso, pero en 2017 el juez archiva la causa contra el al no encontrar «ningún indicio» de su participacion en la desaparicion.